Remove docs/гены.md (gene-system design doc)

The gene system it described (phases G1–G5) is fully implemented; the
design doc is no longer needed.

Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>

LittleSim.sln

@@ -41,6 +41,10 @@ Project("{FAE04EC0-301F-11D3-BF4B-00C04F79EFBC}") = "MrGameEng.UI.Tests", "engin
 EndProject
 Project("{FAE04EC0-301F-11D3-BF4B-00C04F79EFBC}") = "MrGameEng.Audio.Tests", "engine\tests\MrGameEng.Audio.Tests\MrGameEng.Audio.Tests.csproj", "{E0E37D87-4F62-41E9-9CD1-3E7432301508}"
 EndProject
+Project("{FAE04EC0-301F-11D3-BF4B-00C04F79EFBC}") = "MrGameEng.Host", "engine\src\MrGameEng.Host\MrGameEng.Host.csproj", "{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}"
+EndProject
+Project("{FAE04EC0-301F-11D3-BF4B-00C04F79EFBC}") = "MrGameEng.Host.Tests", "engine\tests\MrGameEng.Host.Tests\MrGameEng.Host.Tests.csproj", "{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}"
+EndProject
 Global
 	GlobalSection(SolutionConfigurationPlatforms) = preSolution
 		Debug|Any CPU = Debug|Any CPU
@@ -231,6 +235,30 @@ Global
 		{E0E37D87-4F62-41E9-9CD1-3E7432301508}.Release|x64.Build.0 = Release|Any CPU
 		{E0E37D87-4F62-41E9-9CD1-3E7432301508}.Release|x86.ActiveCfg = Release|Any CPU
 		{E0E37D87-4F62-41E9-9CD1-3E7432301508}.Release|x86.Build.0 = Release|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Debug|Any CPU.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Debug|Any CPU.Build.0 = Debug|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Debug|x64.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Debug|x64.Build.0 = Debug|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Debug|x86.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Debug|x86.Build.0 = Debug|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Release|Any CPU.ActiveCfg = Release|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Release|Any CPU.Build.0 = Release|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Release|x64.ActiveCfg = Release|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Release|x64.Build.0 = Release|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Release|x86.ActiveCfg = Release|Any CPU
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6}.Release|x86.Build.0 = Release|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Debug|Any CPU.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Debug|Any CPU.Build.0 = Debug|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Debug|x64.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Debug|x64.Build.0 = Debug|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Debug|x86.ActiveCfg = Debug|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Debug|x86.Build.0 = Debug|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Release|Any CPU.ActiveCfg = Release|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Release|Any CPU.Build.0 = Release|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Release|x64.ActiveCfg = Release|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Release|x64.Build.0 = Release|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Release|x86.ActiveCfg = Release|Any CPU
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A}.Release|x86.Build.0 = Release|Any CPU
 	EndGlobalSection
 	GlobalSection(SolutionProperties) = preSolution
 		HideSolutionNode = FALSE
@@ -253,5 +281,7 @@ Global
 		{86ECA4A0-46A2-45F4-8CF4-8FB8BB5DC050} = {CD3B5CE5-C23F-38B4-04AA-A303F94731A5}
 		{BC64F7AF-0FC3-4608-A4FF-1273AB8F2ABD} = {CD3B5CE5-C23F-38B4-04AA-A303F94731A5}
 		{E0E37D87-4F62-41E9-9CD1-3E7432301508} = {CD3B5CE5-C23F-38B4-04AA-A303F94731A5}
+		{6EFAFBB4-F11A-42B9-A8AB-B98E735431F6} = {F4A69A46-AF86-AB4E-7D23-4CCCB7B9A519}
+		{BE18D2E0-B8AD-4632-AA0F-F9C80BE5D83A} = {CD3B5CE5-C23F-38B4-04AA-A303F94731A5}
 	EndGlobalSection
 EndGlobal

Mods/Core/Defs/genes.json

@@ -0,0 +1,73 @@
+{
+  "type": "Gene",
+  // Организм-агностичные гены: каждый ген задаёт, как генерируются/мутируют аллели и как ген
+  // вкладывается в признаки (effects: имя признака → формула; value — выраженное значение гена).
+  // Этот набор покрывает измерения генома растения (его используют системы роста/жизненного цикла).
+  "defs": [
+    { "defName": "BaseNumericGene", "abstract": true, "kind": "Numeric",
+      "spread": 0.08, "mutationChance": 0.05, "mutationMagnitude": 0.12 },
+
+    { "defName": "GeneOptimalLight", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.optimalLight",
+      "default": 0.6, "min": 0.0, "max": 1.0, "tags": ["environment", "light"],
+      "effects": { "optimalLight": "value" } },
+    { "defName": "GeneLightTolerance", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.lightTolerance",
+      "default": 0.5, "min": 0.05, "max": 1.0, "tags": ["environment", "light"],
+      "effects": { "lightTolerance": "value" } },
+    { "defName": "GeneOptimalTemperature", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.optimalTemperature",
+      "default": 14, "min": -20, "max": 45, "tags": ["environment", "temperature"],
+      "effects": { "optimalTemperature": "value" } },
+    { "defName": "GeneTemperatureTolerance", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.temperatureTolerance",
+      "default": 16, "min": 2, "max": 40, "tags": ["environment", "temperature"],
+      "effects": { "temperatureTolerance": "value" } },
+    { "defName": "GeneOptimalFertility", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.optimalFertility",
+      "default": 1.4, "min": 0.1, "max": 3.0, "tags": ["environment", "soil"],
+      "effects": { "optimalFertility": "value" } },
+    { "defName": "GeneFertilityTolerance", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.fertilityTolerance",
+      "default": 0.9, "min": 0.1, "max": 3.0, "tags": ["environment", "soil"],
+      "effects": { "fertilityTolerance": "value" } },
+
+    { "defName": "GeneVigor", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.vigor",
+      "default": 1.0, "min": 0.1, "max": 3.0, "tags": ["growth"],
+      "effects": { "vigor": "value" } },
+    { "defName": "GeneLifespan", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.lifespan",
+      "default": 160, "min": 5, "max": 500, "tags": ["lifecycle"],
+      "effects": { "lifespan": "value" } },
+    { "defName": "GeneDispersalRange", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.dispersalRange",
+      "default": 2, "min": 1, "max": 8, "tags": ["lifecycle", "reproduction"],
+      "effects": { "dispersalRange": "value" } },
+    { "defName": "GeneReproduceInterval", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.reproduceInterval",
+      "default": 14, "min": 1, "max": 60, "tags": ["lifecycle", "reproduction"],
+      "effects": { "reproduceInterval": "value" } },
+    { "defName": "GeneSelfPollination", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.selfPollination",
+      "default": 0.2, "min": 0.0, "max": 1.0, "tags": ["reproduction"],
+      "effects": { "selfPollination": "value" } },
+    { "defName": "GeneMutationRate", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.mutationRate",
+      "default": 0.05, "min": 0.0, "max": 1.0, "tags": ["reproduction"],
+      "effects": { "mutationRate": "value" } },
+
+    // --- Контент (фаза G4): плодоношение, добыча, цвет ---
+    { "defName": "GeneFruitYield", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.fruitYield",
+      "default": 0, "min": 0, "max": 12, "tags": ["fruiting"],
+      "effects": { "fruitYield": "value" } },
+    { "defName": "GeneFruitSeason", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.fruitSeason",
+      "default": 1, "min": 0, "max": 3, "spread": 0, "mutationChance": 0, "tags": ["fruiting"],
+      "effects": { "fruitSeason": "value" } },
+    { "defName": "GeneHarvestAmount", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.harvestAmount",
+      "default": 1, "min": 0, "max": 50, "tags": ["harvest"],
+      "effects": { "harvestAmount": "value" } },
+    { "defName": "GeneLeafHue", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.leafHue",
+      "default": 0.33, "min": 0, "max": 1, "spread": 0.04, "tags": ["morphology", "color"],
+      "effects": { "leafHue": "value" } },
+
+    // Производный ген: признак собирается группировкой по регэкспу — сумма всех генов-толерантностей
+    // (демонстрация gsom-функций фазы G5). Собственное значение гена не используется.
+    { "defName": "GeneHardiness", "parent": "BaseNumericGene", "label": "gene.hardiness",
+      "default": 0, "min": 0, "max": 1, "spread": 0, "mutationChance": 0, "tags": ["derived"],
+      "effects": { "hardiness": "gsum('Gene.*Tolerance')" } },
+
+    // Дискретный ген морфы: вариант 0 доминирует, 1 (рецессивный) виден только в гомозиготе.
+    { "defName": "GeneMorph", "kind": "Discrete", "label": "gene.morph",
+      "variants": 2, "variantWeights": [0.82, 0.18], "mutationChance": 0.05, "tags": ["morphology"],
+      "effects": { "variant": "value" } }
+  ]
+}

Mods/Core/Defs/patches.json

@@ -0,0 +1,8 @@
+{
+  "type": "Patch",
+  // Контент-патчи (фаза G5): применяются ко всем дефам типа defType, чьё имя подходит под regex match,
+  // проставляя поля set. Демонстрация: даём кустам древесину при сборе (веточки).
+  "patches": [
+    { "defType": "Plant", "match": "Bush.*", "set": { "harvestProduct": "ProductWood" } }
+  ]
+}

Mods/Core/Defs/plants.json

@@ -2,10 +2,12 @@
   "type": "Plant",
   "defs": [
     { "defName": "BaseTree", "abstract": true, "sizeCells": 2.0, "trunkRadiusCells": 0.28,
+      "harvestProduct": "ProductWood", "fruitProduct": "ProductAcorn",
       "genome": { "optimalLight": 0.6, "lightTolerance": 0.5, "optimalTemperature": 14, "temperatureTolerance": 16,
                   "optimalFertility": 1.4, "fertilityTolerance": 0.9, "vigor": 1.0,
                   "lifespan": 160, "dispersalRange": 2, "reproduceInterval": 14, "selfPollination": 0.2,
-                  "mutationRate": 0.05, "variantChance": 0.15, "spread": 0.08 },
+                  "mutationRate": 0.05, "variantChance": 0.15, "spread": 0.08,
+                  "fruitYield": 5, "fruitSeason": 2, "harvestAmount": 10, "leafHue": 0.30 },
       "stages": [
         { "texture": "things/plant/seed_default", "sizeCells": 0.6, "growDays": 4, "label": "plant.stage.seedling" },
         { "sizeCells": 1.2, "growDays": 9, "label": "plant.stage.sapling" },
@@ -17,20 +19,24 @@
     { "defName": "TreeGrayPineA", "parent": "BaseTree", "label": "plant.pine",  "texture": "things/plant/treegraypine/TreeGrayPineA" },
 
     { "defName": "GrassA", "label": "plant.grass", "texture": "things/plant/grass/grassa", "sizeCells": 1.2,
+      "harvestProduct": "ProductGrass",
       "genome": { "optimalLight": 0.85, "lightTolerance": 0.35, "optimalTemperature": 20, "temperatureTolerance": 12,
                   "optimalFertility": 1.0, "fertilityTolerance": 1.0, "vigor": 1.3,
                   "lifespan": 22, "dispersalRange": 3, "reproduceInterval": 3, "selfPollination": 0.8,
-                  "mutationRate": 0.06, "variantChance": 0.2, "spread": 0.1 },
+                  "mutationRate": 0.06, "variantChance": 0.2, "spread": 0.1,
+                  "harvestAmount": 2, "leafHue": 0.36 },
       "stages": [
         { "texture": "things/plant/seed_default", "sizeCells": 0.5, "growDays": 2, "label": "plant.stage.sprout" },
         { "sizeCells": 1.2, "label": "plant.stage.mature" }
       ] },
 
     { "defName": "BaseBush", "abstract": true, "label": "plant.bush", "sizeCells": 1.4,
+      "fruitProduct": "ProductBerry",
       "genome": { "optimalLight": 0.6, "lightTolerance": 0.5, "optimalTemperature": 17, "temperatureTolerance": 13,
                   "optimalFertility": 1.1, "fertilityTolerance": 1.0, "vigor": 1.0,
                   "lifespan": 60, "dispersalRange": 2, "reproduceInterval": 7, "selfPollination": 0.5,
-                  "mutationRate": 0.05, "variantChance": 0.18, "spread": 0.1 },
+                  "mutationRate": 0.05, "variantChance": 0.18, "spread": 0.1,
+                  "fruitYield": 3, "fruitSeason": 1, "harvestAmount": 3, "leafHue": 0.32 },
       "stages": [
         { "texture": "things/plant/seed_default", "sizeCells": 0.6, "growDays": 3, "label": "plant.stage.sprout" },
         { "sizeCells": 1.4, "label": "plant.stage.mature" }

Mods/Core/Defs/products.json

@@ -0,0 +1,11 @@
+{
+  "type": "Product",
+  // Продукты сбора/плодоношения растений. На них ссылаются PlantDef.harvestProduct / fruitProduct;
+  // количество задаётся генами (harvestAmount / fruitYield).
+  "defs": [
+    { "defName": "ProductWood", "label": "product.wood", "kind": "material" },
+    { "defName": "ProductGrass", "label": "product.grass", "kind": "material" },
+    { "defName": "ProductBerry", "label": "product.berry", "kind": "food" },
+    { "defName": "ProductAcorn", "label": "product.acorn", "kind": "food" }
+  ]
+}

Mods/Core/Languages/en/ui.json

@@ -78,6 +78,11 @@
   "plant.stage.sapling": "sapling",
   "plant.stage.mature": "mature",
 
+  "product.wood": "wood",
+  "product.grass": "grass",
+  "product.berry": "berries",
+  "product.acorn": "acorn",
+
   "pawn.being": "being",
   "pawn.bear": "bear",
   "pawn.deer": "deer",

Mods/Core/Languages/ru/ui.json

@@ -78,6 +78,11 @@
   "plant.stage.sapling": "саженец",
   "plant.stage.mature": "взрослое",
 
+  "product.wood": "древесина",
+  "product.grass": "трава",
+  "product.berry": "ягоды",
+  "product.acorn": "жёлудь",
+
   "pawn.being": "житель",
   "pawn.bear": "медведь",
   "pawn.deer": "олень",

src/LittleSim/App/WorldSave.cs

@@ -1,5 +1,5 @@
 using System.Text.Json;
-using LittleSim.Sim;
+using MrGameEng.Genetics;
 
 namespace LittleSim.App;
 
@@ -24,8 +24,8 @@ public sealed class PlantSave
     /// <summary>Плодородность клетки.</summary>
     public float CellFertility { get; set; }
 
-    /// <summary>Геном особи (аллели сериализуются как поля структуры).</summary>
-    public PlantGenome Genome { get; set; }
+    /// <summary>Геном особи: аллели по id генов (переменного состава).</summary>
+    public Dictionary<string, Allele> Genome { get; set; } = new();
 }
 
 /// <summary>Сериализуемое состояние одного жителя (sim-компоненты; спрайт пересобирается из дефа по <see cref="DefName"/>).</summary>
@@ -119,7 +119,7 @@ public sealed class SaveStore
     {
         WriteIndented = true,
         PropertyNameCaseInsensitive = true,
-        IncludeFields = true, // аллели генома (PlantGenome) — публичные поля структуры
+        IncludeFields = true, // на случай публичных полей в сохраняемых sim-структурах
     };
 
     private readonly string _directory;

src/LittleSim/Content/GameContent.cs

@@ -1,5 +1,6 @@
 using MrGameEng.Atlases;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Genetics;
 using MrGameEng.Mods;
 
 namespace LittleSim.Content;
@@ -56,9 +57,19 @@ public sealed class GameContent
 
         var defs = new DefDatabase();
         defs.RegisterType<TerrainDef>("Terrain");
+        defs.RegisterType<GeneDef>("Gene");
+        defs.RegisterType<ProductDef>("Product");
         defs.RegisterType<PlantDef>("Plant");
         defs.RegisterType<PawnDef>("Pawn");
         defs.RegisterType<WorldPresetDef>("WorldPreset");
+        // Валидация имён при загрузке (фаза G5): гены и продукты обязаны иметь префикс типа.
+        defs.RegisterValidator("Gene", "defName", "^Gene", "gene defName must start with 'Gene'");
+        defs.RegisterValidator(
+            "Product",
+            "defName",
+            "^Product",
+            "product defName must start with 'Product'"
+        );
         defs.Load(mods);
 
         var languages = new LanguageManager(defaultLanguage: "ru");

src/LittleSim/Content/GameDefs.cs

@@ -66,6 +66,17 @@ public sealed class PlantGrowthStage
     public string? Label { get; init; }
 }
 
+/// <summary>
+/// Продукт (Defs/products.json): что растение даёт при сборе (древесина, трава) или плодоношении
+/// (ягоды, жёлудь). Источник истины — деф; растения ссылаются на него по имени, а количество
+/// определяют гены. <see cref="Def.Label"/> — ключ локализации (product.*).
+/// </summary>
+public sealed class ProductDef : Def
+{
+    /// <summary>Категория продукта (например "material" или "food") — для будущей экономики/инвентаря.</summary>
+    public string Kind { get; init; } = "";
+}
+
 /// <summary>
 /// Базовый геном вида (вложенный объект <see cref="PlantDef.Genome"/>): оптимумы и толерантности по
 /// факторам среды + базовая бодрость роста. Особь при спавне получает аллели рядом с этими базами
@@ -114,6 +125,18 @@ public sealed class GenomeDef
 
     /// <summary>Доля разброса аллелей вокруг базы при генерации особи.</summary>
     public float Spread { get; init; } = 0.08f;
+
+    /// <summary>Плодовитость: сколько плодов несёт зрелое растение в сезон (0 — не плодоносит).</summary>
+    public float FruitYield { get; init; }
+
+    /// <summary>Сезон плодоношения (0 — весна, 1 — лето, 2 — осень, 3 — зима).</summary>
+    public float FruitSeason { get; init; } = 1f;
+
+    /// <summary>Сколько продукта даёт сбор растения (масштаб <see cref="PlantDef.HarvestProduct"/>).</summary>
+    public float HarvestAmount { get; init; } = 1f;
+
+    /// <summary>Оттенок листвы (0..1) — сдвиг тинта спрайта; ген цвета.</summary>
+    public float LeafHue { get; init; } = 0.33f;
 }
 
 /// <summary>Растение (Defs/plants.json): текстура, размер, опциональный ствол-препятствие, стадии роста, геном.</summary>
@@ -133,6 +156,12 @@ public sealed class PlantDef : Def
 
     /// <summary>Базовый геном вида: оптимумы/толерантности по среде и бодрость роста.</summary>
     public GenomeDef Genome { get; init; } = new();
+
+    /// <summary>Имя <see cref="ProductDef"/>, выдаваемого при сборе растения (дерево/трава); null — несборное.</summary>
+    public string? HarvestProduct { get; init; }
+
+    /// <summary>Имя <see cref="ProductDef"/>, выдаваемого плодами (ягоды/жёлудь); null — не плодоносит.</summary>
+    public string? FruitProduct { get; init; }
 }
 
 /// <summary>

src/LittleSim/Content/PlantSet.cs

@@ -1,4 +1,5 @@
 using Microsoft.Xna.Framework.Graphics;
+using MrGameEng.Genetics;
 using MrGameEng.Graphics;
 
 namespace LittleSim.Content;
@@ -23,6 +24,9 @@ public sealed class PlantSet
         /// <summary>Стадии роста по порядку; последняя — терминальная.</summary>
         public required Stage[] Stages { get; init; }
 
+        /// <summary>Набор генов вида: базовые значения для генерации особи (геном из общих <see cref="GeneDef"/>).</summary>
+        public required GenomeTemplate Template { get; init; }
+
         /// <summary>День, с которого растение достигает последней (зрелой) стадии.</summary>
         public float MaturityDays => Stages[^1].EnterDay;
 
@@ -42,15 +46,28 @@ public sealed class PlantSet
     private readonly Species[] _species;
     private readonly Dictionary<PlantDef, int> _index = new();
 
+    /// <summary>Общий реестр генов (по id) для скрещивания и вычисления признаков растений.</summary>
+    public IReadOnlyDictionary<string, GeneDef> GeneRegistry { get; }
+
     /// <summary>Строит таблицу из всех (не-abstract) <see cref="PlantDef"/> мода.</summary>
     public PlantSet(GameContent content, ModAtlases atlases, GraphicsDevice device)
     {
+        var genes = content
+            .Defs.All<GeneDef>()
+            .ToDictionary(g => g.DefName, g => g, StringComparer.Ordinal);
+        GeneRegistry = genes;
+
         var defs = content.Defs.All<PlantDef>().ToArray();
         _species = new Species[defs.Length];
         for (var i = 0; i < defs.Length; i++)
         {
             var def = defs[i];
-            _species[i] = new Species { Def = def, Stages = BuildStages(def, atlases, device) };
+            _species[i] = new Species
+            {
+                Def = def,
+                Stages = BuildStages(def, atlases, device),
+                Template = BuildTemplate(def.Genome, genes),
+            };
             _index[def] = i;
         }
     }
@@ -64,6 +81,50 @@ public sealed class PlantSet
     /// <summary>Индекс вида по дефу.</summary>
     public int IndexOf(PlantDef def) => _index[def];
 
+    // Переводит базовый геном вида (числа из plants.json) в набор генов: каждое число — центр
+    // аллелей соответствующего общего GeneDef; морфа — дискретный ген с долей рецессива из вида.
+    private static GenomeTemplate BuildTemplate(
+        GenomeDef g,
+        IReadOnlyDictionary<string, GeneDef> genes
+    )
+    {
+        GeneDef Gene(string id) =>
+            genes.TryGetValue(id, out var def)
+                ? def
+                : throw new KeyNotFoundException(
+                    $"Gene def '{id}' not found — is Mods/Core/Defs/genes.json loaded?"
+                );
+
+        GenomeTemplate.Entry Numeric(string id, float baseValue) =>
+            new(Gene(id), baseValue, g.Spread);
+
+        return new GenomeTemplate([
+            Numeric("GeneOptimalLight", g.OptimalLight),
+            Numeric("GeneLightTolerance", g.LightTolerance),
+            Numeric("GeneOptimalTemperature", g.OptimalTemperature),
+            Numeric("GeneTemperatureTolerance", g.TemperatureTolerance),
+            Numeric("GeneOptimalFertility", g.OptimalFertility),
+            Numeric("GeneFertilityTolerance", g.FertilityTolerance),
+            Numeric("GeneVigor", g.Vigor),
+            Numeric("GeneLifespan", g.Lifespan),
+            Numeric("GeneDispersalRange", g.DispersalRange),
+            Numeric("GeneReproduceInterval", g.ReproduceInterval),
+            Numeric("GeneSelfPollination", g.SelfPollination),
+            Numeric("GeneMutationRate", g.MutationRate),
+            // Контент (G4): плодоношение, добыча, цвет.
+            Numeric("GeneFruitYield", g.FruitYield),
+            new GenomeTemplate.Entry(Gene("GeneFruitSeason"), g.FruitSeason, 0f), // сезон фиксирован по виду
+            Numeric("GeneHarvestAmount", g.HarvestAmount),
+            new GenomeTemplate.Entry(Gene("GeneLeafHue"), g.LeafHue, 0.04f),
+            new GenomeTemplate.Entry(
+                Gene("GeneMorph"),
+                0f,
+                0f,
+                [1f - g.VariantChance, g.VariantChance]
+            ),
+        ]);
+    }
+
     private static Stage[] BuildStages(PlantDef def, ModAtlases atlases, GraphicsDevice device)
     {
         // Без явных стадий растение существует как одна терминальная стадия из базовой текстуры.

src/LittleSim/LittleSim.csproj

@@ -6,6 +6,7 @@
 
   <ItemGroup>
     <ProjectReference Include="..\..\engine\src\MrGameEng.Core\MrGameEng.Core.csproj" />
+    <ProjectReference Include="..\..\engine\src\MrGameEng.Host\MrGameEng.Host.csproj" />
     <ProjectReference Include="..\..\engine\src\MrGameEng.Graphics\MrGameEng.Graphics.csproj" />
     <ProjectReference Include="..\..\engine\src\MrGameEng.Audio\MrGameEng.Audio.csproj" />
     <ProjectReference Include="..\..\engine\src\MrGameEng.Content\MrGameEng.Content.csproj" />

src/LittleSim/Program.cs

@@ -1,6 +1,34 @@
+using LittleSim.Content;
 using LittleSim.Scenes;
 using Microsoft.Xna.Framework;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Genetics;
+using MrGameEng.Host;
+
+// Контент-линт без окна/GPU: грузит моды/дефы (патчи и валидаторы тоже), компилирует формулы генов
+// (включая группировку gsum) и выходит. Удобно для CI.
+if (args.Contains("--check-content"))
+{
+    try
+    {
+        var content = GameContent.Load();
+        var genes = content.Defs.All<GeneDef>();
+        var registry = genes.ToDictionary(g => g.DefName, g => g, StringComparer.Ordinal);
+        var traits = Phenotype.Compute(Genome.Generate(genes, new Random(1)), registry);
+        Console.WriteLine(
+            $"content ok: {content.Defs.TypeKeys.Count} def types, {genes.Count} genes, "
+                + $"{content.Defs.NamesOf("Plant").Count} plants, {traits.Count} traits "
+                + $"(hardiness={traits.GetValueOrDefault("hardiness"):0.##})"
+        );
+        return;
+    }
+    catch (Exception error)
+    {
+        Console.Error.WriteLine($"content FAILED: {error.Message}");
+        Environment.Exit(1);
+        return;
+    }
+}
 
 // Контент Core-мода грузится уже в окне — на загрузочном экране (BootScene), в фоне.
 using var host = new GameHost(

src/LittleSim/Scenes/BootScene.cs

@@ -5,6 +5,7 @@ using LittleSim.UI;
 using Microsoft.Xna.Framework;
 using MrGameEng.Audio;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Host;
 using MrGameEng.UI;
 using Myra.Graphics2D.UI;
 
@@ -73,6 +74,6 @@ public sealed class BootScene : Scene
         Context.Services.Add(content);
         Context.Services.Add(new ModAtlases(content.AtlasCacheDirectory));
         content.Languages.SetLanguage(_settings.Language);
-        Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transition.Fade(0.6f));
+        Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transitions.Fade(0.6f));
     }
 }

src/LittleSim/Scenes/ContentHelpers.cs

@@ -46,7 +46,7 @@ internal static class ScatterSpawner
                 index,
                 new Vector2(px, py),
                 age,
-                PlantGenome.FromDef(def.Genome, random),
+                plants[index].Template.Generate(random),
                 terrain.Fertility,
                 cellSize
             );

src/LittleSim/Scenes/CreditsScene.cs

@@ -2,6 +2,7 @@ using LittleSim.Content;
 using LittleSim.UI;
 using Microsoft.Xna.Framework.Input;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Host;
 using MrGameEng.Input;
 using MrGameEng.UI;
 
@@ -40,7 +41,7 @@ public sealed class CreditsScene : Scene
     {
         if (!Context.Scenes.IsTransitioning)
         {
-            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transition.Fade(0.4f));
+            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transitions.Fade(0.4f));
         }
     }
 }

src/LittleSim/Scenes/LoadGameScene.cs

@@ -3,6 +3,7 @@ using LittleSim.Content;
 using LittleSim.UI;
 using Microsoft.Xna.Framework.Input;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Host;
 using MrGameEng.Input;
 using MrGameEng.UI;
 using Myra.Graphics2D.UI;
@@ -73,7 +74,7 @@ public sealed class LoadGameScene : Scene
                         {
                             Context.Scenes.Switch(
                                 new WorldScene(save.ToConfig(), save),
-                                Transition.Fade(0.6f)
+                                Transitions.Fade(0.6f)
                             );
                         }
                     },
@@ -104,7 +105,7 @@ public sealed class LoadGameScene : Scene
     {
         if (!Context.Scenes.IsTransitioning)
         {
-            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transition.Fade(0.4f));
+            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transitions.Fade(0.4f));
         }
     }
 }

src/LittleSim/Scenes/MainMenuScene.cs

@@ -2,6 +2,7 @@ using LittleSim.Content;
 using LittleSim.UI;
 using Microsoft.Xna.Framework;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Host;
 using MrGameEng.UI;
 
 namespace LittleSim.Scenes;
@@ -37,7 +38,7 @@ public sealed class MainMenuScene : Scene
     {
         if (!Context.Scenes.IsTransitioning)
         {
-            Context.Scenes.Switch(scene, Transition.Fade(0.4f));
+            Context.Scenes.Switch(scene, Transitions.Fade(0.4f));
         }
     }
 }

src/LittleSim/Scenes/NewWorldScene.cs

@@ -6,6 +6,7 @@ using LittleSim.Content;
 using LittleSim.UI;
 using Microsoft.Xna.Framework.Input;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Host;
 using MrGameEng.Input;
 using MrGameEng.UI;
 using Myra.Graphics2D.UI;
@@ -153,14 +154,14 @@ public sealed class NewWorldScene : Scene
             Seed = seed,
             SmoothPasses = _smoothing,
         };
-        Context.Scenes.Switch(new WorldScene(config), Transition.Fade(0.6f));
+        Context.Scenes.Switch(new WorldScene(config), Transitions.Fade(0.6f));
     }
 
     private void Back()
     {
         if (!Context.Scenes.IsTransitioning)
         {
-            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transition.Fade(0.4f));
+            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transitions.Fade(0.4f));
         }
     }
 }

src/LittleSim/Scenes/PauseMenu.cs

@@ -5,6 +5,7 @@ using LittleSim.UI;
 using Microsoft.Xna.Framework;
 using MrGameEng.Audio;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Host;
 using Myra.Graphics2D.Brushes;
 using Myra.Graphics2D.UI;
 

src/LittleSim/Scenes/SettingsScene.cs

@@ -5,6 +5,7 @@ using Microsoft.Xna.Framework;
 using Microsoft.Xna.Framework.Input;
 using MrGameEng.Audio;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Host;
 using MrGameEng.Input;
 using MrGameEng.UI;
 using Myra.Graphics2D.UI;
@@ -59,7 +60,7 @@ public sealed class SettingsScene : Scene
     {
         if (!Context.Scenes.IsTransitioning)
         {
-            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transition.Fade(0.4f));
+            Context.Scenes.Switch(new MainMenuScene(), Transitions.Fade(0.4f));
         }
     }
 }

src/LittleSim/Scenes/WorldScene.cs

@@ -10,7 +10,10 @@ using Microsoft.Xna.Framework.Input;
 using MrGameEng.Assets;
 using MrGameEng.Core;
 using MrGameEng.DevConsole;
+using MrGameEng.Formulas;
+using MrGameEng.Genetics;
 using MrGameEng.Graphics;
+using MrGameEng.Host;
 using MrGameEng.Input;
 using MrGameEng.Inspector;
 using MrGameEng.Lighting;
@@ -73,7 +76,7 @@ public sealed class WorldScene : Scene
         var assets = Context.Services.GetOrDefault<AssetManager>() ?? Context.UseAssets();
         var content = Context.Services.Get<GameContent>();
         var atlases = Context.Services.Get<ModAtlases>();
-        var device = Context.GraphicsDevice;
+        var device = Context.GetGraphicsDevice();
         var input = this.UseInput();
         _speed = Context.Services.Get<GameSpeed>();
         _speed.SetStep(0); // новый мир/загрузка стартуют на x1
@@ -159,6 +162,7 @@ public sealed class WorldScene : Scene
         );
 
         UpdateSystems.Add(new PlantGrowthSystem(_plants, calendar, climate, lighting, CellSize));
+        UpdateSystems.Add(new PlantFruitingSystem(_plants, calendar, climate));
         UpdateSystems.Add(
             new PlantLifecycleSystem(
                 Store,
@@ -350,9 +354,14 @@ public sealed class WorldScene : Scene
 
         // Снимок всей популяции растений: вид (деф), позиция, возраст, стадия, почва и геном.
         Store
-            .Query<PlantGrowth, PlantGenome, Transform2D>()
+            .Query<PlantGrowth, PlantOrganism, Transform2D>()
             .ForEachEntity(
-                (ref PlantGrowth grow, ref PlantGenome gene, ref Transform2D transform, Entity _) =>
+                (
+                    ref PlantGrowth grow,
+                    ref PlantOrganism org,
+                    ref Transform2D transform,
+                    Entity _
+                ) =>
                 {
                     save.Plants.Add(
                         new PlantSave
@@ -363,7 +372,7 @@ public sealed class WorldScene : Scene
                             AgeDays = grow.AgeDays,
                             Stage = grow.Stage,
                             CellFertility = grow.CellFertility,
-                            Genome = gene,
+                            Genome = org.Genome.ToDictionary(),
                         }
                     );
                 }
@@ -376,6 +385,7 @@ public sealed class WorldScene : Scene
 
     private void RestorePlants(GameContent content)
     {
+        var fallback = new Random(_config.Seed); // для старых/битых сейвов без генома
         foreach (var plant in _save!.Plants)
         {
             if (!content.Defs.TryGet<PlantDef>(plant.Species, out var def))
@@ -383,13 +393,17 @@ public sealed class WorldScene : Scene
                 continue; // вид пропал (мод убрали) — пропускаем растение
             }
 
+            var index = _plants.IndexOf(def);
+            var genome = plant.Genome is { Count: > 0 }
+                ? new Genome(plant.Genome)
+                : _plants[index].Template.Generate(fallback);
             PlantFactory.Create(
                 Store,
                 _plants,
-                _plants.IndexOf(def),
+                index,
                 new Vector2(plant.X, plant.Y),
                 plant.AgeDays,
-                plant.Genome,
+                genome,
                 plant.CellFertility,
                 CellSize
             );
@@ -435,7 +449,7 @@ public sealed class WorldScene : Scene
         if (!Context.Scenes.IsTransitioning)
         {
             _speed.Resume();
-            Context.Scenes.Switch(scene, Transition.Fade(0.5f));
+            Context.Scenes.Switch(scene, Transitions.Fade(0.5f));
         }
     }
 
@@ -456,14 +470,148 @@ public sealed class WorldScene : Scene
                 c.WriteLine($"regenerating world, seed {seed}");
                 Context.Scenes.Switch(
                     new WorldScene(_config with { Seed = seed }),
-                    Transition.Fade(0.6f)
+                    Transitions.Fade(0.6f)
                 );
             }
         );
+        console.Register(
+            "formula",
+            "formula <expr> — compile and evaluate an expression (gene-formula engine demo)",
+            (c, args) =>
+            {
+                if (args.Length == 0)
+                {
+                    c.WriteLine(
+                        "usage: formula <expr>  e.g. formula clamp(lerp(0, 10, 0.5), 0, 8)"
+                    );
+                    return;
+                }
+
+                var expression = string.Join(' ', args);
+                try
+                {
+                    c.WriteLine($"{expression} = {Formula.Compile(expression).Evaluate()}");
+                }
+                catch (FormulaException e)
+                {
+                    c.WriteLine($"error: {e.Message}");
+                }
+            }
+        );
+        console.Register(
+            "gene",
+            "gene [seed] — generate a genome from Gene defs, show alleles/traits and a bred child",
+            (c, args) => RunGeneDemo(c, content, args)
+        );
+        console.Register(
+            "plant",
+            "plant <species> [seed] — sample a species genome and show its gene-driven traits/products",
+            (c, args) => RunPlantDemo(c, content, args)
+        );
         console.Register(
             "menu",
             "menu — return to the main menu",
             (_, _) => Switch(new MainMenuScene())
         );
     }
+
+    // Демонстрация генной системы (фаза G2): из Gene-дефов генерируем геном, печатаем аллели,
+    // выраженные значения и признаки (вычисленные формулами), затем скрещиваем двух особей.
+    private static void RunGeneDemo(DevConsole console, GameContent content, string[] args)
+    {
+        var genes = content.Defs.All<GeneDef>();
+        if (genes.Count == 0)
+        {
+            console.WriteLine("no Gene defs loaded");
+            return;
+        }
+
+        var registry = genes.ToDictionary(g => g.DefName, g => g, StringComparer.Ordinal);
+        var seed = args.Length > 0 ? int.Parse(args[0]) : Random.Shared.Next();
+        var random = new Random(seed);
+
+        console.WriteLine($"genome from {genes.Count} genes, seed {seed}:");
+        var parentA = Genome.Generate(genes, random);
+        foreach (var gene in genes)
+        {
+            var allele = parentA[gene.DefName];
+            console.WriteLine(
+                $"  {gene.DefName}: [{allele.A:0.##}, {allele.B:0.##}] -> {parentA.Express(gene):0.###}"
+            );
+        }
+
+        console.WriteLine("traits:");
+        foreach (var (trait, value) in Phenotype.Compute(parentA, registry).OrderBy(t => t.Key))
+        {
+            console.WriteLine($"  {trait} = {value:0.###}");
+        }
+
+        var parentB = Genome.Generate(genes, random);
+        var child = Genome.Breed(parentA, parentB, registry, random);
+        var childTraits = Phenotype.Compute(child, registry);
+        console.WriteLine(
+            $"bred child: {child.Alleles.Count} genes, "
+                + $"vigor={childTraits.GetValueOrDefault("vigor"):0.###}, "
+                + $"lifespan={childTraits.GetValueOrDefault("lifespan"):0.#}, "
+                + $"variant={childTraits.GetValueOrDefault("variant"):0}"
+        );
+    }
+
+    // Демонстрация генного контента (фаза G4): по виду берём его набор генов, генерируем особь и
+    // печатаем признаки роста/жизни и продукты (плоды/добыча с количеством от генов).
+    private void RunPlantDemo(DevConsole console, GameContent content, string[] args)
+    {
+        var species = content.Defs.NamesOf("Plant");
+        if (args.Length == 0)
+        {
+            console.WriteLine("usage: plant <species> [seed]  e.g. plant TreeOakA");
+            console.WriteLine($"species: {string.Join(", ", species)}");
+            return;
+        }
+
+        if (!content.Defs.TryGet<PlantDef>(args[0], out var def))
+        {
+            console.WriteLine($"no plant '{args[0]}'; species: {string.Join(", ", species)}");
+            return;
+        }
+
+        var index = _plants.IndexOf(def);
+        var seed = args.Length > 1 ? int.Parse(args[1]) : Random.Shared.Next();
+        var genome = _plants[index].Template.Generate(new Random(seed));
+        var traits = PlantPhenotype.FromTraits(Phenotype.Compute(genome, _plants.GeneRegistry));
+
+        console.WriteLine(
+            $"{def.DefName} (seed {seed}){(traits.IsVariant ? " [variant morph]" : "")}:"
+        );
+        console.WriteLine(
+            $"  vigor {traits.Vigor:0.##}, lifespan {traits.Lifespan:0} d, "
+                + $"optimalLight {traits.OptimalLight:0.##}, leafHue {traits.LeafHue:0.##}"
+        );
+
+        if (def.HarvestProduct is { } harvest)
+        {
+            console.WriteLine(
+                $"  harvest: {ProductLabel(content, harvest)} x{traits.HarvestAmount:0.#}"
+            );
+        }
+
+        if (def.FruitProduct is { } fruit && traits.FruitYield >= 1f)
+        {
+            var season = content.Languages.Get(
+                $"season.{((Season)traits.FruitSeason).ToString().ToLowerInvariant()}"
+            );
+            console.WriteLine(
+                $"  fruit: {ProductLabel(content, fruit)} x{traits.FruitYield:0.#} in {season}"
+            );
+        }
+        else
+        {
+            console.WriteLine("  barren (no fruit)");
+        }
+    }
+
+    private static string ProductLabel(GameContent content, string productDefName) =>
+        content.Defs.TryGet<ProductDef>(productDefName, out var product)
+            ? content.Languages.Get(product.Label)
+            : productDefName;
 }

src/LittleSim/Sim/PlantFactory.cs

@@ -2,20 +2,25 @@ using Friflo.Engine.ECS;
 using LittleSim.Content;
 using LittleSim.Scenes;
 using Microsoft.Xna.Framework;
+using MrGameEng.Genetics;
 using MrGameEng.Graphics;
 
 namespace LittleSim.Sim;
 
 /// <summary>
-/// Единая точка создания сущности-растения: спрайт стадии по возрасту, тинт по морфе генома и
-/// компоненты роста/генома. Переиспользуется начальным скаттером, размножением и загрузкой сейва —
-/// чтобы все растения собирались одинаково.
+/// Единая точка создания сущности-растения: спрайт стадии по возрасту, признаки из генома формулами
+/// генов, тинт по морфе и компоненты роста/организма. Переиспользуется начальным скаттером,
+/// размножением и загрузкой сейва — чтобы все растения собирались одинаково.
 /// </summary>
 public static class PlantFactory
 {
     // Тинт рецессивной морфы (домножается на текстуру) — делает вариант визуально отличимым.
     private static readonly Color VariantTint = new(214, 150, 176);
 
+    // Якоря оттенка листвы: тёплый жёлто-зелёный → холодный сине-зелёный (по гену leafHue).
+    private static readonly Color LeafWarm = new(170, 200, 90);
+    private static readonly Color LeafCool = new(90, 170, 150);
+
     /// <summary>Создаёт растение вида <paramref name="species"/> с заданным возрастом и геномом.</summary>
     public static Entity Create(
         EntityStore store,
@@ -23,7 +28,7 @@ public static class PlantFactory
         int species,
         Vector2 position,
         float ageDays,
-        in PlantGenome genome,
+        Genome genome,
         float cellFertility,
         int cellSize
     )
@@ -31,10 +36,11 @@ public static class PlantFactory
         var sp = plants[species];
         var stage = sp.StageAt(ageDays);
         var resolved = sp.Stages[stage];
+        var traits = PlantPhenotype.FromTraits(Phenotype.Compute(genome, plants.GeneRegistry));
 
         var sprite = new Sprite(resolved.Region, GameLayers.Beings);
         sprite.CenterOrigin();
-        sprite.Color = genome.IsVariant ? VariantTint : Color.White;
+        sprite.Color = Tint(traits);
 
         return store.CreateEntity(
             new Transform2D(
@@ -49,7 +55,17 @@ public static class PlantFactory
                 AgeDays = ageDays,
                 CellFertility = cellFertility,
             },
-            genome
+            new PlantOrganism { Genome = genome, Traits = traits },
+            new Fruiting()
         );
     }
+
+    // Цвет растения из генов: лёгкий оттенок листвы (ген leafHue) поверх текстуры; рецессивная морфа
+    // дополнительно сдвигает тинт в свою сторону.
+    private static Color Tint(in PlantPhenotype traits)
+    {
+        var leaf = Color.Lerp(LeafWarm, LeafCool, Math.Clamp(traits.LeafHue, 0f, 1f));
+        var tint = Color.Lerp(Color.White, leaf, 0.35f);
+        return traits.IsVariant ? Color.Lerp(tint, VariantTint, 0.6f) : tint;
+    }
 }

src/LittleSim/Sim/PlantFruitingSystem.cs

@@ -0,0 +1,62 @@
+using Friflo.Engine.ECS.Systems;
+using LittleSim.Content;
+using MrGameEng.AI;
+using MrGameEng.Core;
+
+namespace LittleSim.Sim;
+
+/// <summary>
+/// Плодоношение (фаза G4): у зрелого растения с признаком <see cref="PlantPhenotype.FruitYield"/> &gt; 0
+/// в его генетический сезон (<see cref="PlantPhenotype.FruitSeason"/>) копятся зрелые плоды до потолка
+/// <see cref="PlantPhenotype.FruitYield"/>; вне сезона плоды опадают. Полностью управляется генами через
+/// признаки — система лишь применяет их к компоненту <see cref="Fruiting"/>. Незрелые/бесплодные
+/// растения остаются с нулём.
+/// </summary>
+public sealed class PlantFruitingSystem(PlantSet plants, Calendar calendar, Climate climate)
+    : QuerySystem<PlantGrowth, PlantOrganism, Fruiting>
+{
+    // За сколько игровых дней набирается/опадает полный урожай.
+    private const float RipenDays = 10f;
+    private const float DropDays = 20f;
+
+    protected override void OnUpdate()
+    {
+        var deltaDays = Tick.deltaTime / calendar.SecondsPerDay;
+        if (deltaDays <= 0f)
+        {
+            return; // пауза
+        }
+
+        var season = (int)climate.Season;
+
+        foreach (var (growths, organisms, fruits, _) in Query.Chunks)
+        {
+            var g = growths.Span;
+            var orgs = organisms.Span;
+            var f = fruits.Span;
+            for (var i = 0; i < g.Length; i++)
+            {
+                ref var traits = ref orgs[i].Traits;
+                var mature = g[i].Stage >= plants[g[i].Species].Stages.Length - 1;
+                if (!mature || traits.FruitYield < 1f)
+                {
+                    f[i].RipeFruit = 0f; // незрелое или бесплодное — плодов нет
+                    continue;
+                }
+
+                ref var ripe = ref f[i].RipeFruit;
+                if (season == traits.FruitSeason)
+                {
+                    ripe = MathF.Min(
+                        traits.FruitYield,
+                        ripe + deltaDays * (traits.FruitYield / RipenDays)
+                    );
+                }
+                else
+                {
+                    ripe = MathF.Max(0f, ripe - deltaDays * (traits.FruitYield / DropDays));
+                }
+            }
+        }
+    }
+}

src/LittleSim/Sim/PlantGenome.cs

@@ -1,171 +0,0 @@
-using Friflo.Engine.ECS;
-using LittleSim.Content;
-
-namespace LittleSim.Sim;
-
-/// <summary>
-/// Диплоидный геном растения: по паре аллелей на ген. Числовые гены экспрессируются гибридно —
-/// фенотип есть среднее двух аллелей; дискретный ген морфы — по Менделю (рецессив виден только в
-/// гомозиготе). Аллели наследуются (правятся в инспекторе); фенотип-свойства читают системы роста и
-/// жизненного цикла. <see cref="Breed"/> моделирует мейоз и мутацию.
-/// </summary>
-public struct PlantGenome : IComponent
-{
-    // --- Числовые гены (аллель A/B), фенотип = среднее ------------------------------------------
-    public float OptimalLightA;
-    public float OptimalLightB;
-    public float LightToleranceA;
-    public float LightToleranceB;
-    public float OptimalTemperatureA;
-    public float OptimalTemperatureB;
-    public float TemperatureToleranceA;
-    public float TemperatureToleranceB;
-    public float OptimalFertilityA;
-    public float OptimalFertilityB;
-    public float FertilityToleranceA;
-    public float FertilityToleranceB;
-    public float VigorA;
-    public float VigorB;
-    public float LifespanA;
-    public float LifespanB;
-    public float DispersalRangeA;
-    public float DispersalRangeB;
-    public float ReproduceIntervalA;
-    public float ReproduceIntervalB;
-    public float SelfPollinationA;
-    public float SelfPollinationB;
-    public float MutationRateA;
-    public float MutationRateB;
-
-    // --- Дискретный ген морфы (0 — доминантный, 1 — рецессивный) --------------------------------
-    public int MorphA;
-    public int MorphB;
-
-    /// <summary>Фенотип: оптимальная освещённость.</summary>
-    public readonly float OptimalLight => (OptimalLightA + OptimalLightB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: толерантность по свету.</summary>
-    public readonly float LightTolerance => (LightToleranceA + LightToleranceB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: оптимальная температура.</summary>
-    public readonly float OptimalTemperature => (OptimalTemperatureA + OptimalTemperatureB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: толерантность по температуре.</summary>
-    public readonly float TemperatureTolerance =>
-        (TemperatureToleranceA + TemperatureToleranceB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: оптимальная плодородность.</summary>
-    public readonly float OptimalFertility => (OptimalFertilityA + OptimalFertilityB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: толерантность по плодородности.</summary>
-    public readonly float FertilityTolerance => (FertilityToleranceA + FertilityToleranceB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: бодрость роста.</summary>
-    public readonly float Vigor => (VigorA + VigorB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: продолжительность жизни (дней).</summary>
-    public readonly float Lifespan => (LifespanA + LifespanB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: дальность расселения (клеток).</summary>
-    public readonly float DispersalRange => (DispersalRangeA + DispersalRangeB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: интервал размножения (дней).</summary>
-    public readonly float ReproduceInterval => (ReproduceIntervalA + ReproduceIntervalB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: способность к самоопылению (0..1).</summary>
-    public readonly float SelfPollination => (SelfPollinationA + SelfPollinationB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип: темп мутаций (0..1).</summary>
-    public readonly float MutationRate => (MutationRateA + MutationRateB) * 0.5f;
-
-    /// <summary>Фенотип морфы: рецессивный вариант проявляется только в гомозиготе (1,1).</summary>
-    public readonly bool IsVariant => MorphA == 1 && MorphB == 1;
-
-    /// <summary>
-    /// Генерирует особь из базового генома вида: числовые аллели — база ± относительный разброс
-    /// (<see cref="GenomeDef.Spread"/>); аллель морфы = рецессивный (1) с вероятностью
-    /// <see cref="GenomeDef.VariantChance"/>. Сидируется <paramref name="random"/> — детерминизм.
-    /// </summary>
-    public static PlantGenome FromDef(GenomeDef def, Random random)
-    {
-        float Allele(float baseValue) =>
-            baseValue + (random.NextSingle() * 2f - 1f) * def.Spread * baseValue;
-
-        int MorphAllele() => random.NextSingle() < def.VariantChance ? 1 : 0;
-
-        return new PlantGenome
-        {
-            OptimalLightA = Allele(def.OptimalLight),
-            OptimalLightB = Allele(def.OptimalLight),
-            LightToleranceA = Allele(def.LightTolerance),
-            LightToleranceB = Allele(def.LightTolerance),
-            OptimalTemperatureA = Allele(def.OptimalTemperature),
-            OptimalTemperatureB = Allele(def.OptimalTemperature),
-            TemperatureToleranceA = Allele(def.TemperatureTolerance),
-            TemperatureToleranceB = Allele(def.TemperatureTolerance),
-            OptimalFertilityA = Allele(def.OptimalFertility),
-            OptimalFertilityB = Allele(def.OptimalFertility),
-            FertilityToleranceA = Allele(def.FertilityTolerance),
-            FertilityToleranceB = Allele(def.FertilityTolerance),
-            VigorA = Allele(def.Vigor),
-            VigorB = Allele(def.Vigor),
-            LifespanA = Allele(def.Lifespan),
-            LifespanB = Allele(def.Lifespan),
-            DispersalRangeA = Allele(def.DispersalRange),
-            DispersalRangeB = Allele(def.DispersalRange),
-            ReproduceIntervalA = Allele(def.ReproduceInterval),
-            ReproduceIntervalB = Allele(def.ReproduceInterval),
-            SelfPollinationA = Allele(def.SelfPollination),
-            SelfPollinationB = Allele(def.SelfPollination),
-            MutationRateA = Allele(def.MutationRate),
-            MutationRateB = Allele(def.MutationRate),
-            MorphA = MorphAllele(),
-            MorphB = MorphAllele(),
-        };
-    }
-
-    /// <summary>
-    /// Потомок двух родителей (мейоз): аллель A — случайный из родителя <paramref name="a"/>, аллель
-    /// B — из <paramref name="b"/>; затем мутация (с вероятностью среднего темпа мутаций родителей —
-    /// сдвиг числового аллеля на малую долю / переключение морфы). Самоопыление = <c>Breed(self, self)</c>.
-    /// </summary>
-    public static PlantGenome Breed(in PlantGenome a, in PlantGenome b, Random rng)
-    {
-        var rate = (a.MutationRate + b.MutationRate) * 0.5f;
-
-        float Mut(float v) =>
-            rng.NextSingle() < rate ? v + (rng.NextSingle() * 2f - 1f) * 0.12f * v : v;
-        float FromA(float x, float y) => Mut(rng.NextSingle() < 0.5f ? x : y);
-        int MutMorph(int m) => rng.NextSingle() < rate ? 1 - m : m;
-
-        return new PlantGenome
-        {
-            OptimalLightA = FromA(a.OptimalLightA, a.OptimalLightB),
-            OptimalLightB = FromA(b.OptimalLightA, b.OptimalLightB),
-            LightToleranceA = FromA(a.LightToleranceA, a.LightToleranceB),
-            LightToleranceB = FromA(b.LightToleranceA, b.LightToleranceB),
-            OptimalTemperatureA = FromA(a.OptimalTemperatureA, a.OptimalTemperatureB),
-            OptimalTemperatureB = FromA(b.OptimalTemperatureA, b.OptimalTemperatureB),
-            TemperatureToleranceA = FromA(a.TemperatureToleranceA, a.TemperatureToleranceB),
-            TemperatureToleranceB = FromA(b.TemperatureToleranceA, b.TemperatureToleranceB),
-            OptimalFertilityA = FromA(a.OptimalFertilityA, a.OptimalFertilityB),
-            OptimalFertilityB = FromA(b.OptimalFertilityA, b.OptimalFertilityB),
-            FertilityToleranceA = FromA(a.FertilityToleranceA, a.FertilityToleranceB),
-            FertilityToleranceB = FromA(b.FertilityToleranceA, b.FertilityToleranceB),
-            VigorA = FromA(a.VigorA, a.VigorB),
-            VigorB = FromA(b.VigorA, b.VigorB),
-            LifespanA = FromA(a.LifespanA, a.LifespanB),
-            LifespanB = FromA(b.LifespanA, b.LifespanB),
-            DispersalRangeA = FromA(a.DispersalRangeA, a.DispersalRangeB),
-            DispersalRangeB = FromA(b.DispersalRangeA, b.DispersalRangeB),
-            ReproduceIntervalA = FromA(a.ReproduceIntervalA, a.ReproduceIntervalB),
-            ReproduceIntervalB = FromA(b.ReproduceIntervalA, b.ReproduceIntervalB),
-            SelfPollinationA = FromA(a.SelfPollinationA, a.SelfPollinationB),
-            SelfPollinationB = FromA(b.SelfPollinationA, b.SelfPollinationB),
-            MutationRateA = FromA(a.MutationRateA, a.MutationRateB),
-            MutationRateB = FromA(b.MutationRateA, b.MutationRateB),
-            MorphA = MutMorph(rng.NextSingle() < 0.5f ? a.MorphA : a.MorphB),
-            MorphB = MutMorph(rng.NextSingle() < 0.5f ? b.MorphA : b.MorphB),
-        };
-    }
-}

src/LittleSim/Sim/PlantGrowthSystem.cs

@@ -11,9 +11,10 @@ namespace LittleSim.Sim;
 /// <summary>
 /// Двигает рост растений по игровому календарю: прирост возраста = пригодность среды для генов
 /// растения. Скорость = <c>бодрость · пригодность(свет) · пригодность(температура) ·
-/// пригодность(плодородность)</c>, каждая пригодность — гауссов «колокол» вокруг оптимума из генов
-/// (см. <see cref="PlantGenome"/>). Свет/температура в фазе B глобальные (день/ночь и сезон); стадии
-/// и спрайт переключаются по накопленному возрасту как прежде. Терминальную стадию пропускает.
+/// пригодность(плодородность)</c>, каждая пригодность — гауссов «колокол» вокруг оптимума из
+/// признаков (<see cref="PlantPhenotype"/>), вычисленных формулами генов. Свет локальный (лайтмап),
+/// температура глобальная (сезон/день-ночь); стадии и спрайт переключаются по накопленному
+/// возрасту как прежде. Терминальную стадию пропускает.
 /// </summary>
 public sealed class PlantGrowthSystem(
     PlantSet plants,
@@ -21,7 +22,7 @@ public sealed class PlantGrowthSystem(
     Climate climate,
     Lighting lighting,
     int cellSize
-) : QuerySystem<PlantGrowth, PlantGenome, Sprite, Transform2D>
+) : QuerySystem<PlantGrowth, PlantOrganism, Sprite, Transform2D>
 {
     protected override void OnUpdate()
     {
@@ -34,10 +35,10 @@ public sealed class PlantGrowthSystem(
         // Температура глобальная; свет — локальный (лайтмап: подлесок под кронами темнее).
         var temperature = climate.Temperature;
 
-        foreach (var (growths, genomes, sprites, transforms, _) in Query.Chunks)
+        foreach (var (growths, organisms, sprites, transforms, _) in Query.Chunks)
         {
             var g = growths.Span;
-            var dna = genomes.Span;
+            var orgs = organisms.Span;
             var s = sprites.Span;
             var t = transforms.Span;
             for (var i = 0; i < g.Length; i++)
@@ -50,20 +51,20 @@ public sealed class PlantGrowthSystem(
                     continue;
                 }
 
-                ref var gene = ref dna[i];
+                ref var traits = ref orgs[i].Traits;
                 var light = lighting.SampleAt(t[i].Position);
                 var rate =
-                    gene.Vigor
-                    * Suitability.Gaussian(light, gene.OptimalLight, gene.LightTolerance)
+                    traits.Vigor
+                    * Suitability.Gaussian(light, traits.OptimalLight, traits.LightTolerance)
                     * Suitability.Gaussian(
                         temperature,
-                        gene.OptimalTemperature,
-                        gene.TemperatureTolerance
+                        traits.OptimalTemperature,
+                        traits.TemperatureTolerance
                     )
                     * Suitability.Gaussian(
                         grow.CellFertility,
-                        gene.OptimalFertility,
-                        gene.FertilityTolerance
+                        traits.OptimalFertility,
+                        traits.FertilityTolerance
                     );
 
                 grow.AgeDays += deltaDays * rate;

src/LittleSim/Sim/PlantLifecycleSystem.cs

@@ -3,6 +3,7 @@ using Friflo.Engine.ECS.Systems;
 using LittleSim.Content;
 using Microsoft.Xna.Framework;
 using MrGameEng.Core;
+using MrGameEng.Genetics;
 using MrGameEng.Graphics;
 
 namespace LittleSim.Sim;
@@ -31,7 +32,7 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
     private readonly bool[] _cellLand;
     private readonly int _densityCap;
     private readonly Random _rng;
-    private readonly ArchetypeQuery<PlantGrowth, PlantGenome, Transform2D> _query;
+    private readonly ArchetypeQuery<PlantGrowth, PlantOrganism, Transform2D> _query;
 
     private readonly int[] _count;
     private readonly CellRep[] _rep;
@@ -65,7 +66,7 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
         _cellLand = cellLand;
         _densityCap = densityCap;
         _rng = new Random(seed);
-        _query = store.Query<PlantGrowth, PlantGenome, Transform2D>();
+        _query = store.Query<PlantGrowth, PlantOrganism, Transform2D>();
         _count = new int[width * height];
         _rep = new CellRep[width * height];
     }
@@ -99,16 +100,16 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
         _candidates.Clear();
         _births.Clear();
 
-        foreach (var (growths, genomes, transforms, entities) in _query.Chunks)
+        foreach (var (growths, organisms, transforms, entities) in _query.Chunks)
         {
             var g = growths.Span;
-            var dna = genomes.Span;
+            var orgs = organisms.Span;
             var t = transforms.Span;
             for (var i = 0; i < g.Length; i++)
             {
                 ref var grow = ref g[i];
-                ref var gene = ref dna[i];
-                if (grow.AgeDays > gene.Lifespan)
+                ref var org = ref orgs[i];
+                if (grow.AgeDays > org.Traits.Lifespan)
                 {
                     _deaths.Add(entities.EntityAt(i)); // умер от старости
                     continue;
@@ -125,7 +126,8 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
                 {
                     Species = grow.Species,
                     Mature = mature,
-                    Genome = gene,
+                    Genome = org.Genome,
+                    MutationRate = org.Traits.MutationRate,
                 };
                 if (mature)
                 {
@@ -134,7 +136,8 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
                         {
                             Cell = cell,
                             Species = grow.Species,
-                            Genome = gene,
+                            Genome = org.Genome,
+                            Traits = org.Traits,
                         }
                     );
                 }
@@ -147,24 +150,29 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
     {
         foreach (var cand in _candidates)
         {
-            var interval = MathF.Max(0.5f, cand.Genome.ReproduceInterval);
+            var interval = MathF.Max(0.5f, cand.Traits.ReproduceInterval);
             if (_rng.NextSingle() >= elapsed / interval)
             {
                 continue; // в этот тик не сеет
             }
 
-            var range = Math.Clamp((int)MathF.Round(cand.Genome.DispersalRange), 1, 6);
+            var range = Math.Clamp((int)MathF.Round(cand.Traits.DispersalRange), 1, 6);
             var cx = cand.Cell % _width;
             var cy = cand.Cell / _width;
 
             if (!TryFindPartner(cx, cy, range, cand.Species, out var partner))
             {
-                if (_rng.NextSingle() >= cand.Genome.SelfPollination)
+                if (_rng.NextSingle() >= cand.Traits.SelfPollination)
                 {
                     continue; // нет партнёра и самоопыление не удалось
                 }
 
-                partner = cand.Genome; // самоопыление
+                // самоопыление — партнёр это сам кандидат
+                partner = new Partner
+                {
+                    Genome = cand.Genome,
+                    MutationRate = cand.Traits.MutationRate,
+                };
             }
 
             if (!TryPickTarget(cx, cy, range, out var tcell))
@@ -172,7 +180,15 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
                 continue; // некуда сеять (нет суши/свободного места рядом)
             }
 
-            var child = PlantGenome.Breed(cand.Genome, partner, _rng);
+            // Темп мутаций потомка — средний эволюционирующий признак родителей (ген управляет мутацией).
+            var mutationChance = (cand.Traits.MutationRate + partner.MutationRate) * 0.5f;
+            var child = Genome.Breed(
+                cand.Genome,
+                partner.Genome,
+                _plants.GeneRegistry,
+                _rng,
+                mutationChance
+            );
             var tx = tcell % _width;
             var ty = tcell / _width;
             var position = new Vector2(
@@ -192,7 +208,7 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
         }
     }
 
-    private bool TryFindPartner(int cx, int cy, int range, int species, out PlantGenome partner)
+    private bool TryFindPartner(int cx, int cy, int range, int species, out Partner partner)
     {
         for (var dy = -range; dy <= range; dy++)
         {
@@ -213,7 +229,7 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
                 ref var rep = ref _rep[ny * _width + nx];
                 if (rep.Species == species && rep.Mature)
                 {
-                    partner = rep.Genome;
+                    partner = new Partner { Genome = rep.Genome, MutationRate = rep.MutationRate };
                     return true;
                 }
             }
@@ -272,21 +288,29 @@ public sealed class PlantLifecycleSystem : BaseSystem
     {
         public int Species;
         public bool Mature;
-        public PlantGenome Genome;
+        public Genome Genome;
+        public float MutationRate;
     }
 
     private struct Candidate
     {
         public int Cell;
         public int Species;
-        public PlantGenome Genome;
+        public Genome Genome;
+        public PlantPhenotype Traits;
+    }
+
+    private struct Partner
+    {
+        public Genome Genome;
+        public float MutationRate;
     }
 
     private struct Birth
     {
         public int Species;
         public Vector2 Position;
-        public PlantGenome Genome;
+        public Genome Genome;
         public float Fertility;
     }
 }

src/LittleSim/Sim/PlantOrganism.cs

@@ -0,0 +1,87 @@
+using System.Collections.Generic;
+using Friflo.Engine.ECS;
+using MrGameEng.Genetics;
+
+namespace LittleSim.Sim;
+
+/// <summary>
+/// Растительные признаки (фенотип), вычисленные из генома формулами генов (см. <c>genes.json</c>):
+/// готовые значения, которые читают системы роста и жизненного цикла, не касаясь генов напрямую.
+/// Имена полей соответствуют именам признаков в эффектах генов.
+/// </summary>
+public struct PlantPhenotype
+{
+    public float OptimalLight;
+    public float LightTolerance;
+    public float OptimalTemperature;
+    public float TemperatureTolerance;
+    public float OptimalFertility;
+    public float FertilityTolerance;
+    public float Vigor;
+    public float Lifespan;
+    public float DispersalRange;
+    public float ReproduceInterval;
+    public float SelfPollination;
+    public float MutationRate;
+
+    // --- Контент (G4): плодоношение, добыча, цвет ---
+    public float FruitYield;
+    public int FruitSeason;
+    public float HarvestAmount;
+    public float LeafHue;
+
+    /// <summary>Морфа: рецессивный вариант (выраженное значение гена морфы ≈ 1) — другой тинт спрайта.</summary>
+    public bool IsVariant;
+
+    /// <summary>Собирает фенотип из карты признаков, посчитанной <see cref="Phenotype.Compute"/>.</summary>
+    public static PlantPhenotype FromTraits(IReadOnlyDictionary<string, float> traits)
+    {
+        float T(string name) => traits.GetValueOrDefault(name);
+        return new PlantPhenotype
+        {
+            OptimalLight = T("optimalLight"),
+            LightTolerance = T("lightTolerance"),
+            OptimalTemperature = T("optimalTemperature"),
+            TemperatureTolerance = T("temperatureTolerance"),
+            OptimalFertility = T("optimalFertility"),
+            FertilityTolerance = T("fertilityTolerance"),
+            Vigor = T("vigor"),
+            Lifespan = T("lifespan"),
+            DispersalRange = T("dispersalRange"),
+            ReproduceInterval = T("reproduceInterval"),
+            SelfPollination = T("selfPollination"),
+            MutationRate = T("mutationRate"),
+            FruitYield = T("fruitYield"),
+            FruitSeason = (int)MathF.Round(Math.Clamp(T("fruitSeason"), 0f, 3f)),
+            HarvestAmount = T("harvestAmount"),
+            LeafHue = T("leafHue"),
+            IsVariant = T("variant") >= 0.5f,
+        };
+    }
+}
+
+/// <summary>
+/// Компонент-организм растения: его управляемый <see cref="Genome"/> (для размножения, сейва и
+/// пересчёта) и выраженный фенотип <see cref="Traits"/>, по которому работают системы. Заменяет
+/// прежний фиксированный <c>PlantGenome</c> — теперь геном переменного состава и признаки из формул
+/// генов (фаза G3). Геном — ссылочный объект, поэтому компонент несёт ссылку, а не копию.
+/// </summary>
+public struct PlantOrganism : IComponent
+{
+    /// <summary>Геном особи (аллели по генам); общий источник истины для признаков и размножения.</summary>
+    public Genome Genome;
+
+    /// <summary>Выраженные признаки — то, что читают системы роста/жизненного цикла.</summary>
+    public PlantPhenotype Traits;
+}
+
+/// <summary>
+/// Плодоношение растения: сколько зрелых плодов сейчас на нём. Копится у зрелого растения в его
+/// сезон плодоношения (признак <see cref="PlantPhenotype.FruitSeason"/>) до потолка
+/// <see cref="PlantPhenotype.FruitYield"/>, вне сезона опадает. Управляется <c>PlantFruitingSystem</c>.
+/// </summary>
+public struct Fruiting : IComponent
+{
+    /// <summary>Накоплено зрелых плодов (0..FruitYield).</summary>
+    public float RipeFruit;
+}